از نظر تئوری با چند روش می توان خودایمنی را کنترل کرد. یک روش از بین بردن سلول های اتوراکتیو (سلول های ایمنی که علیه آنتی ژن های خودی واکنش نشان می دهند) و روش دیگر ایجاد تولرانس (عدم واکنش غیرطبیعی) در سلولهای دفاعی نسبت به آنتی ژن های خودی است.
داروهای سرکوب کننده ایمنی، با روش اول یعنی از بین بردن سلول های اتوراکتیو، بیماری را کنترل می نمایند. اما این داروها نمی توانند باعث حذف کامل سلول های اتوراکتیو گردند. بنابراین در بیماری های خودایمنی شدید، ممکن است علیرغم مصرف داروهای سرکوب گر ایمنی، بیماری همچنان فعال باقی بماند و باعث ایجاد آسیب غیرقابل برگشت در ارگان ها و یا حتی باعث مرگ و میر بیمار گردد. این بیماران به عنوان بیماران مقاوم به داروهای سرکوب گرایمنی در نظر گرفته می شوند و باید راه کار درمانی دیگری برای آنها اندیشید. یکی از روش های درمانی که در بیماران خود ایمنی مقاوم و شدید به کار می رود، استفاده از پیوند مغز استخوان می باشد.

پیوند مغز استخوان به دو روش انجام می شود. در یک روش، سلول های مغز استخوان از خود فرد گرفته می شود (پیوند اتولوگ) و در روش دیگر، سلول های مغز استخوان از فرد دیگری گرفته می شود (پیوند آلوژن).
در پیوند اتولوگ، ابتدا سلول های مغز استخوان از فرد بیمار جدا می شوند و سپس با استفاده از داروهای سرکوب گر ایمنی، سلول های ایمنی بیمار را سرکوب نموده و در نهایت سلول های مغز استخوان، مجدد به بیمار تزریق می گردد تا سیستم ایمنی توسط سلول های مغز استخوان خود بیمار دوباره ساخته شود.
در پیوند آلوژن، ابتدا به بیمار داروهای سرکوب گر ایمنی قوی تجویز می شود و سپس سلول های مغز استخوان فرد دیگری به بیمار تزریق می گردد.